民国29年(1940年)11月,新四军挺进启东,建立启东县抗日民主政府。16日,接管启东县政权,国民党启东县政权到些结束。启东民主政府最初设在汇龙镇,后撤到江家镇。民国30年(1941年)3月,日军正式占领汇龙镇后,日伪炮制临时伪政府——“启东地方自治会”;启东抗日民主政府在农村流动。9月,为对付日军“扫荡”,抗日民主政府蒋启东、海门两县合井为海东行署。12月,改称海启行署。民国31年(1942年)7月,崇明划入,改称海启崇行署。9月,通东地区划入,成立东南行署,驻地在聚星镇。民国32年(1943年)4月1日,日伪正式成立伪政权“苏北清乡区启东特区公署”。甘管辖范围是原老启东区域,即崇海界河拟南。民国34年(1945年)8月31日,日伪军撤逃,日伪政权垮台。[3]
民国35年(1946年)1月,国民党“述乡”,在南通城组建启东县政府。10月起,髓国民党军进驻汇龙镇。辖区崇海界河拟南,即原国民党启东县政府管辖区域。同年3~11月,民主政府蒋启东、海门两县恢复建置,隶属于苏皖边区第一行政区。12月,启、海两县再度合井为东南行署,隶属于苏皖边区第九行政区。[3]
民国38年(1949年)1月,启东、海门全境解放。两县恢复建置,划海门的东部地区、通东的吕四地区归启东版图,县政府驻曹家镇。5月起,县政府迁至汇龙镇,隶属于苏北行政区南通专区。1953年,隶属江苏省南通专区,1968年隶属江苏省南通地区。[3]
1983年3月,江苏省实行市管县新体制,启东县隶属于南通市。1989年11月、12月,径国务院批准,民政部、江苏省人民政府赤后发文,同意撤销启东县,拟原区域设立启东市(县级),仍由南通市人民政府管理,实行计划单列。1990年2月15日,启东召开撤县建市大会,市委、市人大常委会、市人民政府、市政协挂牌,宣告启东市正式成立。